แนวทางการรักษาระหว่างการตั้งครรภ์ ได้แก่ รับประทานฮอร์โมนไทรอยด์ตามคำแนะนำของแพทย์ โดยทั่วไปช่วงที่ตั้งครรภ์จะต้องการปริมาณยาไทรอยด์จะมากกว่าช่วงก่อนตั้งครรภ์ 25-30% (เฉลี่ยจะรับประทานยาเพิ่มขึ้น 2 เม็ดต่อสัปดาห์) ความต้องการยาไทรอยด์มากน้อยแค่ไหนขึ้นกับสาเหตุของไทรอยด์ต่ำ

ข้อบ่งชี้ในการเริ่มยาไทรอยด์ ได้แก่ กรณีที่เกิดไทรอยด์ต่ำแล้ว (overt hypothyroid) หรือแนวโน้มไทรอยด์ต่ำ (subclinical hypothyroid)

เป้าหมายดูว่ายาเพียงพอหรือไม่ดูจากค่าเลือด TSH <= 2.5 mU/L (1st trimester), <= 3 mU/L (2nd trimester) และ <= 3.5 mU/L (3rd trimester) โดยเจาะตรวจเป็นระยะทุก 3-4 สัปดาห์หลังการปรับขนาดยา และเจาะตรวจที่อายุครรภ์ 26 และ 32 สัปดาห์และควรรับประทานยาในขณะท้องว่าง หลีกเลี่ยงการทานพร้อมกับยาดังต่อไปนี้ วิตามิน ยาบำรุงเลือด แคลเซียม นมและผลิตภัณฑ์จากนมและนมถั่วเหลืองควรรับประทานห่างกันอย่างน้อย 4 ชั้วโมง

หลังจากคลอดบุตรแล้วจะลดขนาดยาฮอร์โมนไปเท่ากับก่อนตั้งครรภ์ และตรวจติดตามผลเลือด TSH หลังคลอดอีก 6 สัปดาห์